A BIOFUND é gerida por uma estrutura organizacional composta por diferentes órgãos: a Assembleia de Membros, o Conselho de Administração e o Conselho Fiscal.

A Assembleia de Membros inclui todos os membros da BIOFUND e é presidida por uma mesa que engloba o presidente, o vice-presidente e o secretário. Este órgão tem competências para aprovar o plano estratégico da organização, eleger os membros do Conselho de Administração, mediante proposta do Comité de Conselheiros, e decidir sobre a atribuição das qualidades de membro honorário e membro benemérito.

A BIOFUND é dirigida por um Conselho de Administração, composto por 7-11 membros oriundos de diversos sectores como Governo, ONGs, Gestão Financeira, Academia, Sociedade Civil e Doadores. O Conselho de Administração é responsável pela supervisão da implementação do Plano Estratégico e aprovação dos planos anuais, definição das orientações gerais, aprovação da política de investimento e do plano de subvenções. Este conselho também detém amplos poderes de gestão e administração, criando órgãos consultivos e comités de trabalho para diferentes fins, como o Comité de Investimentos, que supervisiona as aplicações financeiras feitas por gestores de activos profissionais.

Para a gestão quotidiana da Fundação, o Conselho de Administração delega poderes ao Director Executivo. Este, por sua vez, tem sob a sua alçada um Director de Administração e Finanças, um Director de Programas e um Director de Financiamentos Inovadores, que gerem as respectivas equipas.

Por último, o Conselho Fiscal, com 3-5 membros, tem como função inspeccionar anualmente todas as actividades administrativas e financeiras da BIOFUND. Este órgão é responsável por elaborar um parecer sobre qualquer actividade que resulte num aumento ou diminuição das receitas, incluindo a análise de contas e relatórios.